Les recommandations alimentaires du microbiome sont-elles réelles ou exagérées?

Les microbiomes ont une influence sur la santé physique et mentale. Deux sociétés, Viome et DayTwo, vous indiquent les aliments à manger et les aliments à éviter, en fonction de votre microbiote intestinal. Chaque coût 399 $. Un article du magazine Outside a vanté ces tests, alors je me suis assis (sur les toilettes) et ai ordonné les tests.

tl; dr: Viome est un battage publicitaire. DayTwo est réel.

Je suis un super-sain de 55 ans sans troubles gastro-intestinaux. Voici mes résultats globaux de Viome:

Mes résultats de laboratoire de microbiome Viome.

Mes bactéries intestinales sont excellentes. Je n’ai pris des antibiotiques qu’une fois dans ma vie. Le gamin américain typique prend vingt cours d'antibiotiques avant 18 ans; les adultes prennent des antibiotiques tous les deux ans. J'ai été mordu trois fois par des chiens et je n'ai jamais été infecté. Il y a quelques mois, j'ai marché sur un clou sortant d'une planche. J'ai nettoyé la plaie et vérifié que mon dernier rappel pour le tétanos était daté de moins de cinq ans. La plaie a été infectée et blessée pendant environ dix heures. Après cela, l'infection a diminué et a disparu en une semaine. Je crois que les médecins prescrivent trop d’antibiotiques, que ceux-ci endommagent le microbiome et que cela cause ou contribue à l’épidémie que je constate en combinant troubles GI, troubles métaboliques (obésité, par exemple) et problèmes de santé mentale. (Les personnes que je vois atteintes de ces trois conditions n’ont pas de maladie mentale particulière, elles ont juste des problèmes de santé mentale non spécifiques.)

Mon «score corporel» se situe dans les 25% centiles (sans être dangereux mais sans danger) pour l'ADN humain dans l'intestin. Viome dit que l'infection ou l'inflammation amène votre corps à jeter des cellules dans l'intestin. Soit ça ou cannibalisme.

Mon score métabolique était bon. Le test métabolique est un shake de glucides et un glucomètre. Vous piquez votre doigt, buvez le shake, attendez une demi-heure et piquez à nouveau votre doigt, puis attendez encore une demi-heure et piquez votre doigt une troisième fois. Mon taux de sucre dans le sang était stable grâce aux tests. (Viome n'inclut plus le test métabolique; DayTwo vous demande de réaliser ce test en laboratoire et de rapporter les résultats.)

Mon microbiome gagnant

Le magazine Outside a récemment publié un article comparant les microbiomes de sept des meilleurs athlètes de plein air. La coureuse d'obstacles sponsorisée, Amelia Boone, qui fait de la publicité pour les courses de Tough Mudder, a été déclarée avoir le «microbiome gagnant».

“Amelia Boone a un microbiome gagnant”

Je ne savais pas que les microbiomes compétitifs étaient maintenant un sport. Le secret de Mme Boone pour remporter le concours du microbiome est que la moitié de la bactérie dans son intestin est Acinetobacter, une bactérie rare présente dans le sol. Aucun des autres concurrents n’avait d’Acinetobacter, et moi non plus. Apparemment, ramper dans des fosses de boue implique de manger beaucoup de terre.

Voici la visualisation des données des microbiomes des sept athlètes:

Microbiomes de sept athlètes de plein air

À retenir, différentes personnes ont différents microbiomes. Mon microbiome ne ressemble à aucun des sept athlètes.

Mes bactéries intestinales Viome

Ma bactérie intestinale («Activité», c'est moi), selon Viome.

Bactéries My DayTwo Gut

Mes bactéries intestinales, selon DayTwo.

Les résultats Viome et DayTwo ne concordent pas. Ils ne sont même pas proches. Les résultats de Viome n’ont été identifiés que par quatre des 23 bactéries présentes dans les résultats de DayTwo, et les quatre étaient en bas de la liste, dans la tranche de 1% ou moins. Le virus C. difficile n ° 2 dans l’analyse de Viome n’a même pas été trouvé par DayTwo. J’ai fait les deux analyses à un an d’écart, mais mon régime alimentaire, ma santé, etc. n’ont pas changé.

Les chiffres de «population» ne correspondent pas non plus.

Viome ne vous dit pas ce que fait chaque bactérie. DayTwo vous donne un petit résumé biographique de chaque bogue:

Jour deux

J’ai demandé à DayTwo pourquoi les deux entreprises ne concordaient pas. Tread Childs répondit immédiatement:

Ce n'est pas très surprenant.
 
Viome utilise un séquençage d'ARN qui est différent (et non supérieur) de notre méthode de séquençage en montrant l'expression génique réelle du microbiome (ce qui signifie que vous mesurez quelle bactérie est active et que fait-elle) au lieu du potentiel génétique du microbiome dans notre ADN de fusil de chasse séquençage.
 
Cependant, l'ARN est beaucoup moins stable et nécessite des protocoles de laboratoire beaucoup plus délicats, en particulier lorsqu'il est extrait d'environnements sévères tels que des échantillons de selles, il fournit des mesures très bruyantes. Toute mauvaise manipulation de l'échantillon par le client peut augmenter ce bruit de manière significative. Ceci est différent de l'ADN, qui est relativement stable.

Recommandations de Viome Food

En ce qui concerne les recommandations alimentaires, Viome dit en grande partie que ce sont de bons conseils pour tous. Je devrais manger plus de légumes et moins de sucre. Je devrais manger de la choucroute, de l'ail et des avocats. Je devrais prendre un probiotique. L'avoine est mon meilleur grain. Mes meilleures huiles sont la noix et le lin. Je devrais éviter la bière, le café et le vin. Je devrais éviter le maïs, les piments forts, les oignons, les pommes de terre, la farine blanche, le riz blanc, la margarine et la crème. J'aurais pu obtenir ce conseil n'importe où, sans dépenser 399 $.

Après cela, les recommandations deviennent bizarres. Je devrais:

- Mangez de la laitue et évitez le chou frisé.

- Manger des pommes et éviter les poires.

- Mangez du saumon et évitez le tilapia et le thon.

- Évitez la viande blanche de poulet et de dinde.

- Évitez tous les fruits sauf les pommes, les avocats, les bleuets et les olives.

Pour votre information, j'aime le chou frisé et n'aime pas la laitue. J'aime les poires et n'aime pas les pommes. La choucroute IMHO est la nourriture des dieux. (Pas tous les dieux, juste certains dieux.)

J'ai regardé à travers les aliments recommandés, puis j'ai préparé des aubergines au four parmigiana en croûte de noix et d'ail. C’était super bien, mais comme je n’ai pas le temps de cuisiner, je n’ai plus jamais cuisiné.

Service Client Viome

Le service client de Viome était médiocre. Après avoir envoyé mon échantillon de selles, on m'a dit d'attendre les résultats pendant 4 à 6 semaines. J'ai attendu deux mois et le site Web a continué de me dire d'attendre, mes résultats n'étaient pas prêts. Je n’ai reçu aucune notification par courrier électronique de Viome. Ensuite, j'ai cliqué sur le site Web de Viome et j'ai trouvé mes résultats! Ils étaient prêts un mois plus tôt. Je me suis plaint à Viome à ce sujet. Ils ne pouvaient pas expliquer pourquoi leur site Web disait que mes résultats n’étaient pas prêts (j’ai inclus les captures d’écran). Ils ont dit que je n’avais pas reçu de notification par courrier électronique parce que j’avais choisi de ne pas participer à leurs campagnes marketing quotidiennes. J'ai suggéré qu'ils devraient avoir une option pour recevoir des notifications par courrier électronique sans le spam.

J'ai demandé à Viome un remboursement, ce qu'ils ont refusé de me donner. J'ai envoyé ce blog à Viome. Ils n'ont pas répondu.

Deux bases scientifiques

Le service client de DayTwo est exceptionnel. Lorsque je me suis renseigné sur le fondement scientifique de leurs recommandations, un employé m'a envoyé rapidement une étude sur Cell, Nutrition personnalisée par prédiction des réponses glycémiques. L’étude de cinq ans a été menée à l’Institut de science Weizmann d’Isreal. La technologie résultante a ensuite été concédée sous licence à DayTwo.

L'enquête a suivi les réponses glycémiques de 800 sujets, mesurant les réponses à 46 898 repas. Les chercheurs ont développé un logiciel permettant de prédire la réponse glycémique aux repas en fonction du microbiote intestinal et d'autres paramètres.

Ensuite, 26 sujets ont été divisés en deux groupes. 12 sujets ont suivi un régime sur la base des recommandations du logiciel; 10 sur 12 ont eu de meilleurs résultats. 14 sujets suivaient un régime basé sur les recommandations des diététiciens experts; 8 sur 14 ont eu de meilleurs résultats. En d'autres termes, le logiciel était aussi bon ou meilleur que les experts.

Enfin, les microbiomes de 26 sujets ont été analysés avant et après les changements de régime alimentaire; des augmentations de «bonnes» bactéries ont été observées et une diminution de «mauvaises» bactéries.

Viome n'a pas publié d'étude similaire. Je ne sais pas d’où viennent leurs recommandations en matière de nourriture, mais l’expression «sortis de leur cul» me vient à l’esprit.

Procédure en deux jours et service à la clientèle

Lors de l'envoi de mon échantillon de caca, DayTwo demande également des résultats de test sanguin standard. Je venais de passer mon bilan de santé annuel, alors j’ai copié les résultats dans les formulaires de DayTwo. Le seul test que mon médecin n’ait pas prescrit était le test de métabolisme du glucose que j’avais fait avec Viome (et Viome n’avait pas gardé mes données!).

Lorsque mes résultats étaient prêts, j'ai reçu un email de DayTwo, plus une personne réelle m'a appelée et m'a dit que je pouvais planifier une consultation gratuite avec un nutritionniste.

Recommandations alimentaires de DayTwo

Les recommandations de nourriture étaient étranges. Les mûres étaient parmi mes meilleurs fruits recommandés. Quand j'habitais dans l'Oregon et dans la pauvreté, je cueillais des mûres pendant les étés. Je ne me suis jamais fatigué de manger des mûres trois fois par jour. Les autres fruits que je mange autant que je peux (en saison) incluent les pêches, les melons et les grenades. (Merci à mon invité Airbnb qui m'a montré comment utiliser une cuillère pour retirer les pépins de grenade de la peau, me permettant ainsi de manger une grenade entière chaque matin.)

Les fruits à éviter, je n’ai jamais aimé. Les raisins rouges et verts ont le goût d'être fabriqués dans une usine. Quand j'étais enfant, nous avons obtenu de bonnes pommes dans les exploitations agricoles du Wisconsin, mais les pommes ont été cultivées pour devenir insipides. Je n’aime pas les goyaves. Les recommandations concernant les fruits semblaient inefficaces.

Les recommandations de vegie étaient bien aussi. Mes meilleures vegies incluaient des asperges, que j’ai toujours mangées en saison. Les choux de Bruxelles rôtis étaient mes articles de charcuterie toujours achetés lorsque j'ai magasiné chez Whole Foods. Mes légumes à éviter sont les pommes de terre, les patates douces et les patates douces, que je n’ai jamais trop mangées.

Dans la section des produits laitiers, le fromage est recommandé pour moi. Le fromage est mon plat préféré. Je suis né au Canada et j'ai grandi dans le Wisconsin. Jetez un coup d'œil à mon article de blog sur le fait de gagner 200 kg (7 000 USD) de fromages européens dans la benne à ordures Whole Foods. Le yogourt est également recommandé. Je mange du yaourt tous les matins avec des mûres.

La section des pains et des céréales indique que les pains de grains entiers me conviennent, dans une moindre mesure. Je n’ai jamais mangé autant de pain et j’aime seulement les pains de grains entiers. Ma liste «à éviter» comprend des bagels et du fromage à la crème, ce que je n’ai jamais aimé. Je vais également noter cette section comme précise.

Dans la section viande, poisson et œufs, les œufs sont recommandés en haut. J'aime les œufs et les mange régulièrement. Thon, steak, saumon, j'adore tout cela et je les mange souvent. (Les steaks biologiques, nourris à l'herbe, congelés et emballés sous vide, sont un article que Whole Foods jette en grande quantité, que mon chien et moi avons mangé presque quotidiennement.) Le tilipia figure sur ma liste des «limites». Ce n’est pas mon poisson préféré. Squid est plus bas dans la liste. Je n’aime pas le calmar. (Apprendre qu’un grand nombre de calimari vendus dans les restaurants américains est en réalité une bouffe de porc n’a pas augmenté mon appétit pour les calmars.) Cette section me convient, sauf que le sashimi de saumon figure sur ma liste des «produits à éviter». J'adore les sushis et je les mange tous les mercredis quand mon supermarché a 5 $ de sushis à rabais. Mais ma balance montre de grosses augmentations de poids le lendemain (1 à 2 livres), donc DayTwo semble avoir raison de dire que je devrais éviter les sushis. C’est surtout du riz blanc.

Dans la section des légumineuses et des noix, les noix sont en haut de la liste des recommandations. Je mange beaucoup de noix. Je fais du pesto chaque semaine et j’ai essayé les noix de cajou, les pignons de pin et les graines de tournesol, mais les noix font le meilleur pesto. Le beurre de cacahuète est en haut de ma liste, ce que j'aime beaucoup. Les graines de chia et de lin figurent en bonne place dans mes recommandations et je les ai mises dans mes shakes protéinés. Je les aime juste et comment ils me font me sentir pendant des heures après. Sur ma liste d'éviter sont les hamburgers végétariens, de tous types. Je n’ai jamais aimé les hamburgers végétariens. De plus, en tant que juif de Boulder, je ne mange jamais de burger végétarien quand je bois du lait de soja. Cette section se sent bien.

Pour les collations et les sucreries, les brownies sont recommandés. J'aime les brownies, mais je ne les mange presque jamais. OK, quand nous avons pris des kilos de barres carmelita de la benne à ordures Whole Foods, je ne pouvais pas leur résister. Les brioches à la cannelle sont également bonnes pour moi, selon DayTwo. Le gâteau au fromage est recommandé plus loin dans la liste, et je déteste le gâteau au fromage. Il y a beaucoup de desserts sur la liste des «éviter» que j'aime bien mais que je mange rarement. La liste des «desserts recommandés» n’a aucun sens pour moi, alors j’ai demandé à Tread Childs de l’expliquer:

un petit pain à la cannelle fera grimper votre glycémie moins que la quantité indiquée pour les haricots ou le chou frisé. Cela ne signifie pas que nous vous encourageons à prendre des brioches à la cannelle pour 3 repas par jour - mais peut-être que les brioches à la cannelle sont une meilleure option le «jour de triche» que les pains à la française, par exemple. À l'inverse, bien que le chou frisé soit considéré comme étant sain, nous pouvons voir qu'il peut augmenter votre glycémie et nous vous conseillons donc de le manger avec quelque chose comme une salade de chou frisé avec une vinaigrette à base d'huile d'olive plutôt que seule.

La dernière liste est les boissons. Il recommande de boire de l'alcool et du café, ce que je ne bois pas. Les jus sont sur la liste des «éviter» et je ne bois pas beaucoup de jus non plus. (Le jus de goyave, que j’aime bien, est recommandé, mais les goyaves figurent sur ma liste des mesures à éviter et je n’aime pas les goyaves. Le jus de goyave est sucré.) Cette liste ne me convient pas non plus.

Dans l’ensemble, les recommandations alimentaires de DayTwo se sentent bien. Ils ne vont pas me faire changer d’alimentation, car les aliments que je mange souvent sont recommandés et les aliments que je ne mange pas figurent sur la liste des «produits à éviter», mais j’ai l’impression de me justifier lorsque je fais mes achats.

Le podcast que j'aimerais entendre

Après avoir écrit cet article, Damien Blenkinsopp m'a suggéré d'écouter son entretien avec Richard Sprague, sur son podcast The Quantified Body. J’avais cherché des critiques comparant DayTwo et Viome avant d’utiliser Viome, mais je n’avais rien trouvé. Ce podcast dure deux heures et est très détaillé sur les tests de microbiomes, comparant de nombreux laboratoires et services. Richard Sprague a déclaré (1:08 dans le podcast),

«J'avais des choses assez étranges dans [mon rapport Viome]. Le problème que j’avais avec [Viome] était qu’il n’y avait pas de raisonnement… Nous ne savons pas vraiment ce qu’ils étudient, pourquoi ils font ces recommandations… Le problème avec Viome est que vous n’avez aucune raison, aucune méthodologie. ”

Le vrai test

… Serait pour une personne ayant des problèmes gastro-intestinaux, des problèmes de santé mentale et / ou un trouble métabolique d'essayer Viome et / ou DayTwo et voir si vos symptômes changent. Si vous faites cela, veuillez rapporter vos résultats dans les commentaires ci-dessous!